En matriz revolution podemos ver la continuacion de la primera parte de esta misma....Pero en esta parte podemos ver que la flota de Zion destruida, mientras tanto Neo esta en un estado de coma.La tripulación de Nabucodonosor han de rescatar a Neo del el coma en el que se encuentra.
Gracias a la ayuda a sus dos amigosTrinity y Morfeo, es rescatado, y tras descubrir que sus poderes como el Elegido no se limitan a Matrix, sino que puede destruir a las máquinas en el mundo real, se encamina a La Ciudad de las Máquinas para intentar solucionar los problemas.Las maquinas se encuentran en ese preciso momento arrasando por completo Zion y pocas esperanzas quedan para la humanidad de sobrevivir.
Trinity pilota la nave hasta la ciudad de las máquinas, pero como los centinelas lo resisten tanto este aterriza muy duro y en esta muere. Neo, herido, llega hasta el centro de la ciudad de las máquinas donde se encuentra con Deus la ex maquina, aparentemente la máquina que gobierna a todas.
Neo se da cuenta de que si él mismo deja de existir en Matrix, Smith también lo hará, por lo que se deja copiar por Smith dando por finalizado el objetivo de ambos y permitiendo a Deus ex machina reiniciar Matrix.